Некоторые современные исследования указывают на связь пародонтита с различными внешними и внутренними интоксикациями. Плазмаферез позволяет в этих случаях устранить проявления пародонтита и предотвратить все его тяжёлые последствия. Упорные афтозные и грибковые стоматиты после длительного применения антибиотиков сопровождаются депрессией иммунитета. Способность плазмафереза стимулировать защитные силы организма позволяет купировать и такие вторичные стоматиты.

Депрессия иммунитета иногда сводит на нет результаты пластических операций на лице и в полости рта, в стоматологической трансплантологии. Профилактический курс плазмафереза создаёт условия для последующих более успешных операций в стоматологии и пластической хирургии. Серьёзную проблему создаёт синдром Шегрена - аутоиммунное поражение слюнных желёз. После плазмафереза улучшается общее состояние, увеличивается слюноотделение, уменьшаются размеры околоушных желёз со стабильной ремиссией.